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La contraseña del ftp solo la tiene un compañero y de el me fío al 100% pero por si las moscas he cambiado la contraseña.
A alguien se le ocurre que puede haber pasado aparte de que hallan conseguido la contraseña del FTP con fuerza bruta o algo similar.
Por cierto no tengo ningún fichero con la función fwrite() ni nada similar que me pueda modificar los ficheros del hosting.
Saludos.