Sobre el tema de "ocultar" el código hay vários métodos.
Ofuscar y "pre-compilar" (no es exactamente esta palabra pero se asemeja).
* Ofuscar sólo hace "dificil" la tarea de leer el código .. pero, sigue estando ahí el código fuente tal cual. Ofucar el código no requiere de ninguna extensión o librería extra en el servidor para usarlo. Un ejemplo:
POBS
http://pobs.mywalhalla.net/
* "codificar" el código. Ejemplo el Zend Encoder .. Esto requiere que el servidor que ejecute tus aplicaciones "codificadas" lo tenga instalado (y no es una librería gratuitva ..) Así que si tu "cliente" no tiene eso instalado en el servidor (o cualquier otra que puedas encontrar ..) No conseguiras tu fin.
Zend Encoder
http://www.zend.com/store/products/zend-encoder.php
Un saludo,