El hecho de mostrar las preguntas directamente en HTML ó extraerlas de una Base de Datos dependerá de la estructura, mágnitud, funcionalidad de tu sistema...
Hay que ver las posibilidades que te da PHP y una Base de Datos (como MySQL)... por ejemplo la que mencionó borjasanba, con PHP podrías mostrar preguntas al azar... si tienes cientos (demasiadas pués!) podrías manejarlas con un solo script de PHP... igual por ejemplo si dichas preguntas estás divididas por temas, podrías extraer de una Base de Datos solo las preguntas de un tema en concreto... igual si tus preguntas variarían constantemente mejor sería ocupar PHP que HTML... posibilidades hay muchas, ve que PHP te ofrece dinamismo... algo que no hará HTML... pero igual, si tu exámen constará de 10 preguntas que no tendrán que modificar... pués mejor no meterse con PHP y manejar HTML puro ¿no crees???...
el chiste es aplicar una ley básica: "La Ley del menor esfuerzo".
Algo que definitivamente tendrás que tomar muy en cuenta, y para lo cuál no será opción HTML puro, es el tema de seguridad. El simple hecho de manejar las respuestas, ni JavaScript es una opción segura. Ahí sí definitivamente tendrás que hechar mano de PHP pero igual su complejidad/simpleza dependerá de la estructura de tu sistema... igual podrías guardar esas respuestas en una Base de Datos ó podrías manejarlas directamente en el mismo código PHP sin complicarse con el tema de hacer consultas y demás...
¿Cómo se estructuraría su contenido?? depende de tí, de lo que quieras hacer. ¿cómo se programa esto??? Te hago una invitación a que consultes las FAQ, encontrarás enlaces hacia tutoriales y todo lo necesario para iniciarse en PHP (sí es tu caso) e igual podrías encontrar script que te pudiesen ayudar; sé que hay uno para realizar encuestas, quizá puedas sacar algo de ahí, mínimo alguna idea. Igual haz uso del buscador del foro... tan solo busca la palabra "examenes" y hayarás resultados... está en tí sacarle probecho... ve lo que plantean, vé que te sirve, al menos como idea/base te servirá... para empezar a trabajar.
La mejor de las suertes!
PD: Para el tema de Base de Datos recomiendo los artículos de
www.mysql-hispano.org