Sobre las versiones, en tu caso realmente no afectan en nada, las que tienes funcionarán bien :)
En todo caso si pretendes usar mysql 5.1 en un servidor en producción recuerda que dicha versión es GA, es lo suficientemente estable pero aún quedan cosas por aquí y por allá por probar o arreglar.
Sobre lo de usar php como módulo o como cgi, la respuesta no es realmente corta si se entra en detalle en el tema por lo que diré las más notables, seguramente alguien me corregirá o agregar mayor detalle a medida que se desarrolle el tema.
PHP como módulo de Apache
- resulta tal vez la instalación más simple de hacer
- todo el trabajo que hace php ocurre bajo el usuario y permisos de apache (esto afecta más en servidores basados en unix)
- desde php tienes acceso a funciones como apache_request_headers(), apache_response_headers(), apache_getenv(), apache_setenv() entre otras.
- Si haces una modificación en el php.ini, necesitas reiniciar apache de forma tal que la nueva configuración se pueda aplicar.
PHP como CGI
- La configuración es algo más complicada que instalar como módulo, pero nada para morirse tampoco.
- php puede utilizar un usuario propio y permisos propios independientemente de la configuración de apache (también afecta más que nada a sistemas unix)
- todos los scripts son interpretados por el cgi de php
- si modificas algo en el php.ini, los cambios se aplicarán al momento de ejecutar cualquier script, esto es porque la configuración del php.ini se lee cada vez que se ejecuta un script manejado por el cgi de php.
- el problema con cgi es que genera una copia del proceso padre de php por cada petición hecha a un script lo cual puede ser un problema a menos que se logre controlar la cantidad de llamadas. Esto se trata de solucionar con FastCGI pero éste tampoco está excento de problemas.
Referente al tema de la seguridad puedes leer:
Instalación como módulo de apache Instalación como CGI 
