el tema de variables por referencia es simple
cuando creas una variable comun y silvestre
$var = 1;
se guarda en un lugarcito de la memoria, hasta ahi nada de otro mundo
ahora si yo a esa variable la copio
$var2 = $var;
lo q haces es tomar el valor q estaba en $var y pasarselo a $var2, esta lo guarda en otro lugarcillo de la memoria, ergo ambas son idependientes entre si. ahora si hacemos una copia por referencia
$var2 =& $var;
lo q tiene $var2 es la direccion donde esta guardado el dato de $var, ergo si yo modifico $var2 se modifica $var tambien, entonces son dependientes una de la hora.
ejemplo copia por valor
$var = 1;
$var2 = $var;
$var+5;
$var2+5;
echo $var; // imprime 6
echo $var2; // imprime 6
ejemplo copia por referencia
$var = 1;
$var2 =& $var;
$var+5;
$var2+5;
echo $var; // imprime 6
echo $var2; // imprime 11
bueno espero haber sido explicativo y q se entienda,