Veamos, es bastante general tu duda, pero en algo intenentaré ayudar.
Supongamos que el usuario se registra, entonces tiene un archivo "registro.php", el cual toma los datos del usuario y los guarda en una bd.
Luego, en una segunda página debes generar el login con su respectiva validación "login.php" y "valida.php", para luego ir al "index_usuario.php", el cual te da la bienvenida al sitio de usuarios.
De allí les das todas las opciones a modificar de su cuenta, las preferencias del sitio, etc.
eso es lo que te puedo aportar, ya que tu pregunta es demasiado general
Sayonara