Se guarda un "puntero" (si no me equivoco con la teoría) .. ese "puntero" a su vez lo puedes "desglosar" en un array (asociativo o no) .. en un objeto y en otros tipos de elementos ..
Para eso tienes funciones como mysql_fetch_xxx() donde xxx es array, assoc, object, row .. etc
Tambien podrias acceder a un campo de uno de los registros que te entrega la consulta via:
mysql_result()
El caso que siempre que quieras obtener los datos que ha generado tu consulta via mysql_query() debes de "darles formato" hacia los elementos mencionados y mas que puedes ver si ves las funciones de Mysql con PHP:
http://www.php.net/manual/en/ref.mysql.php
Si lees las FAQ's de este foro veras mas tutoriales de PHP que en algun capítulo hablan sobre Mysql y como interactuar con PHP usando las funciones mencionadas.
Un saludo,