Entonces .. usa una sesión .. Al seleccionar tus opciones .. envias tu "formulario" a tu script PHP .. este genera un array en tu sesión y luego lo lees (el array que tendrás en tu sesión) desde otro script en una recarga o como corresponda. Cuando ya no necesites esos datos, puedes eliminar la sesión incluso.
www.php.net/session
Pero también te hará falta saber como tratar los "checkbox" .. es decir .. como tomar su valor y generarlos dinámicamente para que queden seleccionados los que estaban en función de los valores de tu sesión.
En principio debes usar sintax tipo
<input type="checkbox" name="opciones[]" value="lo que sea">
para que en PHP puedas recibir un array en $_POST['opciones'] el cual poder volcar sobre una varaible de sesión tipo:
session_start();
$_SESSION['opciones']=$_POST['opciones']};
así ya tendrás esa sesión disponible para otros scripts .. También podrías "serializar" ese array (serialize() . .unserialize() para propagar ese array entre tus scripts, pero, queda algo más "limpio" y sobre todo seguro usar una sesión.
Los checkbox tendrás que generarlos dinámicamente .. te hará falta un array almenos para contener esos nombres de checkbox que poder representar (o una Tabla de tu BD?) .. Eso lo necesitaras para poder poner la opción "checked" al checkbox que corresponda "pre-marcar" para respetar los valores anteriores de estos ante una "recarga" de tu página (pues sino, los perderas). Etc .. etc...
Un saludo,