Suele ser más conveniente y sencillo (sobre todo si a lo que llamas forma parte de una aplicación más amplia) solicitar la URL en lugar de ejecutar el php localmente.
Esto lo puedes hacer fácilmente con wget. En lugar de poner en el cron una llamada a /..../php /mi/fichero/controlador.php?tal=cual lo que haces es poner una llamada a
Así además, puedes incluso guardar la salida en un fichero de log o lo que quieras. Mira las opciones de wget en la ayuda.
Si no tienes wget instalado en tu sistema, no te preocupes. Hay paquetes y binarios para casi cualquier sistema.