Hola,
pues igual que si quisieses ejecutar una consulta select o una insert,...:
1º Conectar con el servidor de BD
$con = mysql_connect(servidorBD,usuario,clave);
2º Seleccionar la bd
mysql_select_db(nombreBD,$con)
3º Crear consulta
$consulta = "create table nombre ...";
4º Ejecutar la consulta
$res = mysql_query($consulta,$con)
5º Comprobacion de la ejecucion de la consulta ha sido OK
if(!res) mostrar mensaje de error
6º Solo si consulta es select -> obtener resultados
while($fila = mysql_fetch_array($res))
{
...
}
7º cerra conexion con servidor BD
mysql_close($con)
un saludo,