Hola, al leer la idea que tienes creo que estas un poco confuso sobre el anexar el enlace para confirmar la cuenta.
Cuando tu creas un nuevo usuario puedes colocar en su registro en la base de datos un campo que diga por ejemplo activacion que inicialmente este en cero. Al momento de crear el registro se debe crear un correo electrónico que soporte html con el fin de poder ingresar el enlace. Este enlace simplemente sera un script que recibira unos parametros por get que verificaran que esta cuenta esta por ser activada. Este script verifica que el usuario este registrado y tenga su campo de activacion en cero, ahi le hace una actualización a su base de datos y eso es todo lo que debe hacer.
Cita: tengo una tabla con todas las plantillas de emails de mi web y quisiera incrustar en la plantilla el nombre del usuario y el enlace para confirmar la cuenta de forma dinamica.
Pues generalmente eso se hace cuando el usuario se registra para que la acción se haga en el mismo momento de la inscricpción del usuario en el sistema. Si lo hicieras asi como lo planteas te tocaria crear un cron para que hiciera la consulta de cuales usuarios tienen el campo desactivado y mandar los correos, cosa que no me parece muy práctica.