Gracias por tu respuesta Cluster,
en realidad, no quiero que lleguen los datos de la session al pop-up, yo llego hasta él desde un link con una variable enviada vía GET, y quiero que el pop-up tenga una session aparte, lo que hice fue darle distintos nombres a las variables de sesión que podían llegar a confundirse.
Por ejemplo, en la ventana de origen tengo $_SESSION['id_cliente'] que le envío al pop-up mediante el link y recibo en el pop-up mediante $_GET['loquesea'], el tema es que en el pop-up también necesito trabajar con otros clientes y asignárselos a una variable de sesión, pero cuando lo cierre, quiero que en la ventana de origen $_SESSION['id_cliente'] haya quedado intacto. Lo resolví dándole otro nombre a la variable en el pop-up, pero quería saber bien cómo trabaja PHP con las sesiones en ese caso.
Saludos y gracias.