Como que las incluyes???
Las BD se "conectan" NO se "incluyen"
Tal vez te refieres a que incluyes los archivos con los que te conectas, en cuyo caso el problema lo solucionarás llamando al "resource" adecuado en cada query que ejecutes.
Ejemplo:
Código PHP:
$conn1=mysql_connect("host","usuario","password");
$conn2=mysql_connect("host","usuario","password");
//No importa que sean los mismos datos, debes hacerlo dos veces.
mysql_select_db("bd1",$conn1);
mysql_select_db("bd2",$conn2);
//Ahora si puedes usar tus dos conexiones (al menos en teoria, pues no lo he probado)
$recordset1=mysql_query("select * from tablaTal",$conn1); //Esta se corre en la bd1
$recordset2=mysql_query("select * from tablaOtra",$conn2); //Esta se corre en la bd2
Tal vez te sirva.