En ese caso lo que necesitas es un sistema tipo:
Zen Guard
http://www.zend.com/products/zend_guard
PHP Encoder
http://www.ioncube.com/sa_encoder.php
(son Aplicaciones de pago en este caso .. Pero también es cierto que tu estás lucrando .. así que todo tiene un costo que de alguna manera ya incluiras en tu precio final que tengas que dar a tu cliente).
"Compilador" como tal (como en C .. y otros lenguajes) no hay .. Las aplicaciones mencionadas instalan una extensión en el servidor .. o usan el motor de Zend original para hacer una "pre-compilación" que al final de cuentas consigue tu objetivo: proteger tu propiedad intelectual .. Si te fijas incluso manejan temas como: en que servidor podrás ejeuctar tu aplicación, poner tiempos de expiración .. etc. y por supuesto encripta tu código fuente de tus scripts.
Un saludo,