Código PHP:
$sql = "SELECT fecha, id_Materia FROM asistencia WHERE fecha = ".$_POST['fecha']." AND id_Materia= ".$_POST['id_materia']." ";
$existe = mysql_query($sql, $link);
if ($row = mysql_fetch_array($existe)){
echo "<h1> Ya se tomo asistencia esta fecha para ".$_POST['nombre_materia']." </p>\n";
olvide los apostrofos en ' << ".$_POST['fecha']." >> ' solucionado.