<a style="color:red;" onclick="<?php if ( isset($_COOKIE["Ts_Ms"]) ) setcookie("Ts_Ms
"", "3", 0); ?>" href="">Tema 3</a> <br/>
Supongo que esas "dobles comillas dobles" son el resultado de copiar y pegar aqui.
Ahora, lo que pretendes hacer definitivamente no es posible, porque los eventos onclick se ejecutan en el navegador y, para ese entonces, PHP ya ni se entera de lo que pasa alla, por lo que las cookies se crean en el mismo momento de mostrar los enlaces, precisamente, cada nuevo enlace sobreescribe la cookie anterior y queda siempre el valor del ultimo.
Puedes: Crear la cookie con javascript, llamada a otro script PHP que tome por GET el valor que deseas establecer y/o la combinacion de ambas (AJAX).
Edito:
Lo del select es bastante sencillo, es tema de javascript, pero, bueno... depende un poco de como sea la URL de la pagina destino, aqui un ejemplo:
Código HTML:
Ver original<select name="algo" onclick="top.location = 'nueva_pagina.php?algo=' + this.value;">