Lo que yo hago es:
Tengo el index.php con su menu donde estan los enlaces. Pongamos que uno de esos enlaces es 'noticias'.
Entonces, la pagina noticias.php que haria yo seria: guardo la parte del menu en un archivo aparte menu.php, y entonces en noticias.php hago include(menu.php) y ya luego pongo las noticias. Asi, en index estaria el include del menu y luego el texto o lo que sea del index. (si hay mas partes que, como el menu, quiero que siempre se vean en la web, tambien las guardo aparte)
Vosotros tambien haceis asi la estructura de la web? o hay formas mas elegantes de hacer las distintas secciones de la web?