PHP no tiene control sobre el proceso de Upload por HTTP, no devuelve el cotrol del script hasta que termina.
Alguna solución sería por el lado de javacript donde ante tu evento "onSubmit" de tu formulario que envias el archivo .. abras una ventana que dés ese mensajito y .. cuando termine el proceso de tu script .. llames por javascript a la ventana abierta para cerrarla (window.nombreventana.close() o algo así ...) y rediercciones hacia la página que muestre ese listado de archivos subidos o el archivo ..
formulario.php
Código PHP:
<form action="subir.php" method="post" ..etc .. onSubmit="window.open('aviso.php','aviso','propiedades')">
etc ...
<input type="file" ......>
</form>
subir.php
Código PHP:
<?
// proceso de upload .. move_uploaded_file() .. etc ....
?>
<html>
<head>
</head>
<body onLoad="window.aviso.close();window.location='ver_archivo.php'">
</body>
</html>
El proceso sería mas o menos el descrito .. confirma detalles sobre el uso de ventanas vía javascript en el foro de dicha tematica.
Otro detalle .. cuando "subas" el archivo .. la página que contenga el formulario va a quedar en "blanco" durante el proceso de "upload"
Un saludo,