He probado esto:
Código PHP:
<script type="text/javascript" src="incluyo libreria"></script>
$(document).ready(function(){
setTimeout(function(){ $("#authMessage").fadeOut(800).fadeIn(800).fadeOut(500).fadeIn(500).fadeOut(300);}, 3000);
});
</script>
<body>
<div id="authMessage"><?php echo $this->Session->flash(); ?></div>
</body>
En cakephp $this->session->flash(); carga el mensaje que viene del controller, pero no sé porque no funciona, no se si con este framework se empleea diferente. Gracias