segun lo que entendi es algo asi lo que necesitas, seria bueno si te explicas un poco mejor o pones parte del codigo...
aqui te pongo el codigo espero te sirva de algo...
Código PHP:
<?php
$hostname_Conexion = "localhost";
$database_Conexion = "tubd";
$username_Conexion = "root";
$password_Conexion = "";
$Conexion = mysql_pconnect($hostname_Conexion, $username_Conexion, $password_Conexion) or trigger_error(mysql_error(),E_USER_ERROR);
/////////////// empresares ///////////
mysql_select_db($database_Conexion, $Conexion);
$query_corporaciontot = "SELECT count(*) as totalinter FROM empresaes";
$corporaciontot = mysql_query($query_corporaciontot, $Conexion) or die(mysql_error());
$row_corporaciontot = mysql_fetch_assoc($corporaciontot);
$totalRows_corporaciontot = mysql_num_rows($corporaciontot);
$totalinter=$row_corporaciontot['totalinter'];
$i="1";
$empresaes="";
while($i <= $totalinter){
$empresaes=$empresaes.",".$_POST['corporacion_'.$i];
$i++;
}
$corporacion=$empresaes;
$updateSQL="UPDATE empresas SET corporacion=".$corporacion." WHERE Idempresa=".$_GET['idempresa']."";
mysql_select_db($database_Conexion, $Conexion);
$Result1 = mysql_query($updateSQL, $Conexion) or die(mysql_error());
/////////////// empresares ///////////
?>
<?php
$empresat=$_GET['corporacion'];
mysql_select_db($database_Conexion, $Conexion);
$query_corporacion = "SELECT idempresa, empresa FROM empresaes";
$corporacion = mysql_query($query_corporacion, $Conexion) or die(mysql_error());
$row_corporacion = mysql_fetch_assoc($corporacion);
$totalRows_corporacion = mysql_num_rows($corporacion);
?>
<?php do{ ?><?php $trozo=explode(",",$row_EditarPerfil['corporacion']); ?><label><?php $interpatro=$row_corporacion['idempresa']; ?>
<input <?php if ($row_corporacion['idempresa'] == $trozo[$interpatro]){ ?>checked="checked"<?php } ?> type="checkbox" name="corporacion_<?php echo $row_corporacion['idempresa']; ?>" id="corporacion_<?php echo $row_corporacion['idempresa']; ?>" value="<?php echo $row_corporacion['idempresa']; ?>" /> <?php echo $row_corporacion['empresa']; ?><br />
</label><?php } while ($row_corporacion = mysql_fetch_assoc($corporacion)); ?>