Ayuda para parsear un xml y poner los datos en mysql

[ancubero]

Hola como estan!

Pude conseguir este script y tengo alredor de tres días tratando de hacerlo funcionar para lo que necesito pero llego hasta el punto de solo desplegar y nose como hacer o donde poner el query para que me ponga la info del XML en mysql.

este es el XML

Código:

 
<?xml version="1.0"?>
<moldb>
  <type>hydrophobic
    <molecule>
        <name>Alanine</name>
        <symbol>ala</symbol>
        <code>A</code>
    </molecule>
  </type>
   <type>charged
    <molecule>
        <name>Lysine</name>
        <symbol>lys</symbol>
        <code>K</code>   
    </molecule>
   </type>
</moldb>

y este el el codigo del PHP

Código PHP:

  <?php
 
class AminoAcid {
   var $type;  // hydrophobic, charged or neutral
   var $name;  // aa name
   var $symbol;    // three letter symbol
   var $code;  // one letter code
   
   function AminoAcid ($aa) 
   {
       foreach ($aa as $k=>$v)
           $this->$k = $aa[$k];
   }
}
 
function readDatabase($filename) 
{
   // read the XML database of aminoacids
   $data = implode("", file($filename));
   $parser = xml_parser_create();
   xml_parser_set_option($parser, XML_OPTION_CASE_FOLDING, 0);
   xml_parser_set_option($parser, XML_OPTION_SKIP_WHITE, 1);
   xml_parse_into_struct($parser, $data, $values, $tags);
   xml_parser_free($parser);
 
   // loop through the structures
   foreach ($tags as $key=>$val) {
       if ($key == "molecule") {
           $molranges = $val;
           // each contiguous pair of array entries are the 
           // lower and upper range for each molecule definition
           for ($i=0; $i < count($molranges); $i+=2) {
                   $offset = $molranges[$i] + 1;
               $len = $molranges[$i + 1] - $offset;
               $tdb[] = parseMol(array_slice($values, $offset, $len));
           }
       } else {
           continue;
       }
   }
   return $tdb;
}
 
function parseMol($mvalues) 
{
   for ($i=0; $i < count($mvalues); $i++) {
      $mol[$mvalues[$i]["tag"]] = $mvalues[$i]["value"]."<br>";
   }
   return new AminoAcid($mol);
}
 
$db = readDatabase("moldb.xml");
//echo "** Database of AminoAcid objects:\n";
print_r($db);
?>   

y esto es lo que me muestra

[CODE]Array ( [0] => AminoAcid Object ( [type] => [name] => Alanine
[symbol] => ala
[code] => A
) [1] => AminoAcid Object ( [type] => [name] => Lysine
[symbol] => lys

Código:

 => K
) )

como pueden ver "type" esta fuera de molecule y no me toma el valor.

y hasta ahi llego nose que mas hacer la verdad lo que necesito es como hacer que cada valor sea una variable y asi poder meter esa varia en la DB creo que es asi pero la verdad debo estar muy equivocado si alguien me puede iliminar o mostrar el camino se lo agradeceria sobre manera.

Muchas Gracias.