Código PHP:
if (isset($_POST['Submit'])){
$update ="UPDATE tutable SET ";
if($_FILES['file1']['size'] > 0){
$update.=" foto1 = file1 ";
}
if($_FILES['file2']['size'] > 0){
$update.="foto2 = file2 ";
}
$update .="WHERE Id = '800' LIMIT 1 ;";
echo $update;
}
?>
<html>
<head>
<title>Untitled Document</title>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
</head>
<body>
<form name="form1" enctype="multipart/form-data" method="post" action="prueba.php">
<p>
<input name="file1" type="file" id="file1">
<br>
<input name="file2" type="file" id="file2">
<br>
<input type="submit" name="Submit" value="Submit">
</p>
</form>
</body>
</html>
Está un poco arcaico, pero te dará una ayuda al menos. Eso de tener checkbox, no me cabe, porque el sistema debe reconocer automaticamente que campos actualizar.
Saludos