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... quizá debas ampliarte un poco más. ¿cómo es que funciona tu sistema?? ... así como lo mencionas poco (para no decir nada) tiene que ver con PHP aplicado a páginas WEB's (quizá GTK?)... quizá con una página recuperes y muestres ciertos datos, pero es tema aparte de lo que planteas, el simple hecho de que mencionas que lo haces con un programa.... ¿qué tiene que ver PHP ahí?
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¿qué programa es
?... y sobre todo ¿qué causas podría haber para que el programa no corra? ... ¿o es que lo haces manualmente? ... entonces... tu solución es del lado del Sistema Operativo; busca
CRON JOB si tienes LINUX ó sobre el
Programador de Tareas si tienes Windows... Lo que haces dichos programas es ejecutar una "acción" (no hayo palabra correcta) de forma automatizada... así puedes programar que tu software corra una vez al día ó cada que quieras....
Si esto es lo que planteabas, como dije, no tiene que ver con PHP... busca que casi seguro encontrarás mayor información en el foro de Sistemas Operativos...
Si no es esto lo que necesitas... pués, de mi parte, creo deberás aclarar un poco más la situación...
Suerte!