Atualizar y ordenar registros desde archivo CSV o txt

[hebam]

Que tal foreros yo de nuevo solicitando su ayuda, les dire que ya le estoy entendiendo al php pero me pidieron que haga un programa que me actualice los registros de una tabla desde un archivo de texto y no tengo ni la mas remota idea de como hacerlo, les planteo el problema esperando que me puedan ayudar.

yo tengo una tabla en mi base de datos en mysql, ahora esta tabla tiene las siguientes columnas:
i
d_registro, ciudad, estado, municipio,zona_geo

estas columnas siempre van ser las mismas no van a cambiar, mi tabla tiene 2500 renglones.

la idea es que a partir de un archivo ya sea de texto o csv, y tomando en cuenta el id_registro me inserte la informacion en el renglon que le corresponde, es decir si en mi archivo de texto yo quiero subir informacion de 200 renglones y estos renglones no son continuos es decir el archivo en vez de empezar del id_registro 1 empieza del registro 306 y el registro que le sigue es el 100 y el siguiente es el 500 es decir no lleva un orden el archivo, la informacion que esta en el renglon me lo inserte en el lugar que le corresponde dependiendo el id_registro, ademas de que no siempre se van a insertar los 2500 renglones ese valor puede variar, pero al momento de cargar la informacion no deben de moverse las columas

id_registro, ciudad, estado, municipio,zona_geo

sino que estas simpre van a ser estaticas por asi decirlo.

Ese no es el unico problema, tambien me tiene que insertar varias columnas sin tocar las antes mensionadas por ejemplo cuando subo un primer archivo
depues de zona_geo se agrega una columna y sube esa informacion la revisan si quedo ordenada la importan a excel .
quedando asi

id_registro, ciudad, estado, municipio,zona_geo, columna1
y ya quedo

Pero en un segundo archivo despues de zona_geo na no es una columa si no 5 me tiene que insertar esas 5 columnas,

puede quedar de la siguiente manera

id_registro, ciudad, estado, municipio,zona_geo, columna1,columna2,columna3,columna4,columna5

es decir el numero de las columnas puede variar no importa si la informacion que estaba en la columna se pierda al momento de actualizar

el archivo unicamnete va a venir de la siguiente manera

id_registro, valor1, valor2, etc.

como ven no vienen los campos ciudad, estado, municipio,zona_geo.

mi problema es que no se como hacerlo, epero que me puedan ayudar porque estoy desesperado.