PHP en general puede acceder a un archivo en forma de ruta absoluta al mismo .. ya sea otra unidad (hablando de windos) pero en el mismo servidor físicamente o incluso por rutas de red clásicas (\\equipo\recursocompartido\archivo.tal)
El único problema que podrías tener sería sobre restricciones de acceso a archivos por parte de PHP .. tanto si está configurado como "safe mode" o restricciones forzadas por "open_base_dir" .. o include_dir entre otras directivas de tu php.ini
Por otro lado . .no sé a que te refieres con "datos" cuando lo mencionas .. no sé si es una página .html o .php que se ha de llamar? .. o algún script en concreto que tienes en "D:" y quieres incluir en algún .php que ya ejecuta bajo tu "document root" definido en c:\ .. Concreta mejor tu situación.
Olvida tambien cuando hables de "servidor web se aloja ..." .. por qué lo que manda es donde "apunta" (directorio) tu "Document Root" (si es que usas Apache) que es de donde "cuelga" todo archivo que va a quedar bajo el control de tu servidor HTTP y llamadas tipo:
http://localhots/..... o domino ...
Por ende .. bajo ese concepto perfectamente podrías tener "Apache" como servidor HTTP instaldo en "C" y tu Document Root apuntando a "D:" y ahí tu aplicación .. o incluso manejar diferentes "servidores virtuales" .. unos con archivos en C (sus document root individuales) y otros a D .. por poner ejemplos ...
Un saludo,