Marcar checkbox especificos, jquery 1.x

[BaSingSe]

Saludos, No tengo el codigo a mano ya que esta en mi trabajo, pero resulta que tengo un inconveniente varios checkbox cada checkbox debe seleccionarse en conjunto con otros, digase que si seleccionas un checkbox que debe seleccionarse en conjunto con otros digamos 2 checkbox mas se abre un cuadro con esos 2 checkbox entonces al momento de seleccionar esos 2 checkbox y cerrar la ventana que se abrio estos se deben autoseleccionar... Que pasa al momento de seleccionar esos 2 checkbox uso la funcion "each" ej:

Código Javascript:

$(checkbox).each(function(){
//Selecciono el checkox correspondiente ya sea llamandolo por su codigo especifico o valor
})
 

El problema esta en que solo me selecciona el primero checkbox de los 2 que se mando y en la consola me presenta el primer valor 2veces como si por los checkbox se contara el primero 2 veces... Quizas el each no se usa para esa logica o es un error que tengo. Le agradeceria si me pudieran dar un ejemplo sencillo de lo que explico arriba se los agradecere muchisimo..