Eso sucede porque el método solo afecta a los elementos que cargaron al inicio, los que carguen después no se verán afectados pues el código JS ya se ejecutó.
 
Podrías hacerlo así:    
Código Javascript
:
Ver original- $(document).ready(function(){ 
-     function aplicar(){ 
-         $('.llenar1').click(function(){ 
-             alert("prueba");  
-         }); 
-     } 
-      
-     $("#add").on('click', function(){ 
-         $(".tabla").append('<input type="text" class="llenar1"/>'); 
-         aplicar(); 
-     }); 
-    
-     aplicar(); 
- }); 
De este modo, cuando cargue la página, se ejecutará la función 
aplicar en la cual asignarás a todas las cajas de texto una función que mostrará un mensaje de alerta al darles un clic, pero también ejecutarás a la función 
aplicar cuando crees una nueva caja de texto, así ésta también se verá afectada. 
Saludos