Subir proyecto ya en desarrollo

[guaruzo]

Hola. Tengo un proyecto en desarrollo pero ya está avanzado. Quiero subirlo a github con sourcetree pero el problema es que al clonarlo me crea localmente una nueva carpeta con todos los archivos de mi proyecto. Lo que quiero es que sourcetree me detecte los cambios en mi carpeta original que es en la que estoy trabajando y no en la segunda carpeta porque entonces tengo que estar pasando archivos de la primera carpeta a la segunda y pienso que eso no es práctico. Gracias.