Hola bambanx,
tienes que tener en cuenta que la pagina que contiene los marcos (frameset)está formada por unos marcos (frames) que son a su vez páginas html. Estas páginas se pueden editar separadamente, o sea, los puedes abrir con el dreamweaver.
Lo que te pasa es que estás copiando la pagina principal, la que contiene los marcos, pero cuando modificas el contenido estas modificando las mismas paginas.
Pongamos, por ejemplo, que tienes una página que contiene los marcos llamada "index.html" y que tiene 2 marcos, uno llamado "menu.html" y el otro llamado "principal.html". Si haces una copia de "index.html" y la nombras como "index2.html", esta página sigue llamando a "menu.html" y a "principal.html". O sea que necesitarás que llame a otras páginas que no sean estas y así no modificar a las páginas del primer conjunto de marcos.
Lo mejor sería hacer una copia de cada uno de los marcos (en mi ejemplo haría "menu2.html" y "principal2.html"). Y ya solo nos faltará que el segundo conjunto de marcos, "index2.html" llame a "menu2.html" y a "principal2.html".
Desde el Dreamweaver, la mejor manera de cambiar el origen de los marcos sería desde el menú "ventana" y luego seleccionar "marcos". Ahí verás la estructura de "index2.html", haces clic encima de cada uno de los marcos y te vas al panel de propiedades y buscas dónde pone origen. Cambias el nombre de cada marco (por ejemplo cambiariamos "menu.html" por "menu2.html") y ya estaría.
Espero haberme explicado bien. Sinó vuelvéme a preguntar, que te ayudo