Hola, bueno, pues como te comenta Riquelmepa, Flash es importante saberlo porque ahí trabajarás. Sin embargo, no deja de ser una herramienta, muy potente por cierto, tu imaginación y tu creatividad son las que te llevarán de acuerdo a lo que necesites hacer. Ahora, con respecto a lo que comentas, te recomiendo que antes de todo tengas una "necesidad" por llamarle de algún modo a un objetivo, es decir, planteate el objetivo de crear una animación con unos muñecos animados creados por tí (si dices que se te facilita el dibujo será cosa fácil crearlos) después crea un guión (de que tratará la animación) puede ser cómico, de crítica, de concientización, etcétera; eso también va por cuenta tuya. Ya que tengas los monos y el guión puedes proceder a hacer un storyboard (es cómo el guión pero más detallado) donde pondrás la posición de los personajes en el escenario, se especifica tal o cual fondo, y si lleva sonido y diálogos, tambián ahi deben ir, en fin, detalles como esos. Después de esto puedes planear como los harás, (si los trazas en vectores o quieres que aparezcan como los escaneaste) y otros detalles técnicos. Y al final...
Lo armas en Flash (o en otro programa que te sirva, jejeje)
Esto sólo es un consejo, se me ocurrio basándome más o menos en como trabajo yo. Para nada es una metodología y si faltaron pasos o detalles, diganme, igual y nos enriquecemos.
Saludos desde México.