que tal mau...
en mi humilde opinion... creo que deberias pasarlo por algun programa de video pro, como el premiere, el final o el avid, y ahi aplicarle el key que deje el video con un alpha, luego lo exportas con esa informacion alpha (el nuevo compresor de sorenson lo trae, el qt tambien).
ojo con la ventaja del sorenson sqeeze 4.2, que te permite incluso comprimir la informacion alpha para finalmente lograr un buen flv, el avid tambien tiene un pluggin para flash, con el premiere no he probado...
el compresor de flv que trae el on2 vp6, tiene que estar activado para la codificacion del alpha (codificacion que previamente le fue añadida al video, cualquiera sea el formato que soporte este canal) en el programa de edicion no lineal. < se lee complejo, pero vaya que quedo bonito.
en otras palabras:
-pantalla azul
-chroma key, blue screen o rgb difference. < software de edicion
-export video con la codificacion del canal alpha < software de edicion
-import video, compresor on2 vp6, activado informacion alpha < flash
esa es la forma llamada THE SAPINTO'S WAY, pero no es universal...
espero que te resulte