Hola
Las capas se encuentran justo al lado de la linea de tiempo.
Cada que creas un documento nuevo en flash, se te crea una capa por defecto. (capa 1).
Puedes tener las capas que quieras, pero debes tener en cuenta que las capas quedan apiladas una detras de la otra, de mandera que la primer capa tiene "prioridad visual" sobre las demas.
Una de las formas de agregar una capa es por el menu insertar y luego le pinchas en capa.
Hay mucha informacion en el menu ayuda del flash luego lecciones y luego capas. Tambien puedes pulsar F1 y buscar el tema.
Espero haberte ayudado
Caho