Hola,
Pues mira, yo pongo el codigo del flash en html, de esta forma:
<OBJECT WIDTH="100%" HEIGHT="100%" >
<EMBED WIDTH="100%" HEIGHT="100%" >
oasea, que tan solo tienes que darle 100% tanto en width como height , y ya con eso.
Yo lo he usado en muchisimas paginas, y siempre funciona perfecto
