La opción que ofrece dafnee podría funcionar aún mejor si el segundo swf a cargar está metido en un par de carpetas para que la ruta sean algo confusa, pero esto funcionaría para un usuario novato, pues el que ya conoce el uso de descompiladores y cómo capturar archivos swf, si usa IExplorer, después de ejecutarlo solo va a la carpeta de los Archivos Temporales, y no solo encuentra el archivo swf sino que al lado aparece la ruta.
Por otro lado, encontré este sitio:
http://www.amayeta.com/software/swfencrypt/
donde muestran el
Amayeta™ SWF Encrypt™ 5.0 no lo he usado pues no he tenido la necesidad de hacerlo, pero según la informacion del sitio te encripta el ActionScript y protege al archivo, sería de probarlo. Su costo es de $80.00. Habría que valorar si vale la pena.
Lo que no sé es si el mismo programa desencripta el archivo, supongo que sí.