Es realmente muy sencillo.
Armas tu movie.
Grabas tu fla
luego de hacer esto, vas a Archivo > Publish Setting y ahi te va a brir una ventana com muchas opciones.....ahi elegis exe (proyector windows) o algo asi y le das al boton que dice publish y listo.
Te va a guardar tu archivo .exe en el mismo lugar donde guardo tu fla.
salu2