DESDE SKYPE:
http://www.skype.com/intl/es/share/buttons/
Aquí te creas un botón directamente en html.
Básicamente el código para un botón es:
on (release) {
getURL("skype:+34963000111?call","_self");
}
DESDE CUALQUIER PROGRAMA VOIP (INCLUIDO SKYPE):
on (release) {
getURL("callto://+34963000111/");
}
Acabo de descubrir este código y mola porque llama desde la aplicación que tengas asociada, es como los e-mails.