Perdona no me dí a entender. Necesitas hacer el arreglo para después tomar uno de los índices del arreglo que debe contener el ID del MovieClip.
De hecho tienes que hacer lo mismo aunque sean MovieClips, la única diferencia es que a cada MovieClip que quieras cargar le asignas un ID en la biblioteca "clickDerecho -> Linkage" -> Export for ActionScript.
Esos ID's de cada MovieClip son lo que vas a poner dentro del arreglo.
Después de eso, simplemente, en lugar de cargar los MovieClips con loadMovie lo haces con attachMovie()...
Código:
var movies:Array = ["IDClip1", "IDClip2", "IDClip3", "IDClip4"...];
var randomIndex:Number = Math.round(Math.random()*(movies.length-1));
this.createEmptyMovieClip("clipVacio", this.getNextHighestDepth());
clipVacio.attachMovie(movies[randomIndex], clipVacio.getNextHighestDepth());