Seguramente ya se encontraron con esta pregunta miles de veces:
PHP ¿cómo módulo de Apache o con cgi?
Yo siempre lo usé como módulo de Apache, y siempre creí que era mucho mejor, pero cada vez más proveedores de hosting están optando por correr PHP con fastCGI.
La pregunta volvió a mi agregandole Perl a Apache, tengo las mismas 2 opciones: como módulo o CGI.
Incluso la descripción del paquete 'php5-cgi' en los repositorios de aplicaciones de Ubuntu dice:
"Note that MOST apache users probably
want the libapache2-mod-php5 package." (algo así como: "Nótese que la mayoría de los usuarios de Apache probablemente quieran el paquete libapache2-mod-php5").
¿Existe alguna ventaja usándolo como CGI o fastCGI?