Pues mira no se si te estes refiriendo al Package & Deployment Wizard de visual studio que lo que hace es recoger todas las librerias de las que dependa un proyecto de visualbasic y crear un clasico instalador que se encargara de instalar todo lo que se necesite de forma automatica.
Y si, si haces un packete con Package & Deployment Wizard este de forma ideal deberia instalar todo lo que se necesita sin necesitad de ningun Service Pack o cosa parecida.
Y digo de forma ideal porque no es cierto, puesto que yo he tenido problemas con ado y msagent, parece ser que estas librerias a su vez dependen de otras librerias y estas no son incluidas de forma automatica entre las dependencias y por lo tanto tampoco en el packete del instalador. En fin como vez eso puede ser todo un show. Y a su vez un instalador hecho con esta herramienta en win98 por ejemplo no podra ser instalado en winxp porque al momento de ejecutar el instalador se supone y se actualizan ciertas librerias pero winxp no permite que estas por ser de diferente version se copien y total que se debe hacer otra version mas para win xp.
Cita: me dice que debo actualizar algunos archivos ... creo que se refiere a Service Packs para Windows.
No se si te refieras a lo que te aparece al inicio cuando vas a usar el setup que creaste, porque en efecto se copean o actualizan como 7 librerias al momento de hacerse la instalacion y al terminar esto se inicia realmente la instalacion.
La cosa es que debes checar bien las librerias de las que depende tu programa y estar seguro que el instalador las esta copiando todas y en la forma correcta.
Si no es asi vas a necesitar conseguirte algun instalador de esas librerias y hacer un programita que las instale de preferencia antes de que se ejecute tambien el instalador; o de plano tambien hecho por codigo copiar manualmente tu esas librerias y registrarlas de alguna forma en el registro.
Espero no ser demasiado rollero, puesto que todabia no tengo una forma yo mismo definitiva de hacer todo esto y creo si alguien pudiera agregarte algo mas, yo tambien lo agradeceria.
Visual Studio Installer, Service Packs y algo más 
