Cómo crear un diskette que contenga un bootloader y un menu de consola con rutinas C

[veral]

Buenas!! Quisiera consultar como podria crear un diskette que contenga un bootloader y un menu de consola con rutinas C. En realidad el bootloader ya lo tengo cargado en el sector de arranque del diskette. Lo que no entiendo es como guardar mis programas compilados en c y que se ejecuten.

Muchas Gracias por la ayuda!!