Hola
kalvinman, bienvenido a Python
En este caso muy probablemente tu problema tenga muy poco que ver con Python, y mucho que ver con que tu archivo no tenga permisos de ejecución.
Te recomiendo leer por ahí cómo funcionan los permisos de archivo, verás que hay un permiso especial que es el de "ejecución" y que permite que un archivo pueda, justamente, ejecutarse.
Para comprobar si tu archivo es ejecutable o no, te recomiendo ejecutar este comando en la terminal:
ls -l hola.py
Si te sale una línea como
-rw-r--r
quiere decir que tu archivo no es ejecutable. Si te sale algo como
-rwx-r-x-r-x
significa que sí es ejecutable (las "x" lo indican, viene de "eXecutable")
Si resulta que tu archivo no tiene permisos de ejecucion, la forma más sencilla de arreglarlo (dado que no sé si usás KDE, GNOME, o qué) es desde la línea de comandos: te vas hasta la carpeta donde está el archivo y ejecutás
chmod 0755 hola.py
Con eso debería funcionar. Desde Nautilus / Konqueror / Dolphin seguramente baste con darle botón derecho, elegir "propiedades", "permisos" y marcarle los permisos de ejecución.
Saludos y suerte.