Bueno, el funcionamiento del movimiento con el mouse del layer viene dentro del codigo y es relativamente facil ubicarlo, por ejemplo, para cerrar la pagina:
if ( mouse.x >= wcpx1 && mouse.x <= wcpx2 && mouse.y >= wcpy1 && mouse.y <= wcpy2 && wincloseSTATUS=="down" ) { top.window.close() }
Puedes observar que la parte superior no son mas que archivos gif, a los que por medio de las cordinadas del mouse les someten algun evento.
Una de las "X" para cerra las paginas es "cerrar_o", puedes seguir ester nombre para rastrear las funciones o variables que intervienen con esa X.
En fin, si efectivamente no conoces los metodos de los objectos que maneja JavaScript te sera algo lento el ubicar como funciona, pero si conoces el .moveTo o el .resizeTo rapidamente podras ubicar los segmentos de codigo que hacen el arraste.
Saludos