Problemas con redireccion luego de un alert

[sefirotxx]

Tengo un serio problema con javascript, espero poder explicarlo lo mejor posible:

Tengo un sistema hecho en PHP el cual sirve para administrar notas de un colegio, y uso javascript para cosas puntuales, como por ejemplo luego de una insercion de notas en una pagina notas, me tire un alert y luego me redireccione a la misma pagina donde estaba especificamente (la direccion ademas de una pagina la da una serie de valores que han sido pasados por get). Algo asi como el siguiente script:

Código PHP:

  echo "<script>
alert('Las notas han sido modificadas');
window.location='panel.php?menu=Libro&estado=Gestionarnotas&mostrar=Ver+Libro&cambiar=Si&curso=".$_GET[curso]."&materia=".$_GET[materia]."'; 
</script>"; 
   

En fin, esto me funciona bien, pero existe un problema que a nivel usuario me da muchos problemas. Cuando tira el alert y tu le das en "aceptar" enseguida este script redirecciona casi inmediatamente, pero si te demoras mucho tiempo en darle "aceptar", se demora mucho en redireccionar (mientras mas te demores en darle aceptar mas se demora en redireccionar), y hay veces que se me olvida darle aceptar por ejemplo por que tengo que responder una llamada o lo que sea (a muchos usuarios le sucede), y pasa mucho tiempo, ya no me redirecciona a ningun lado y tengo que retroceder a traves del navegador o actualizar, lo cual no es la idea.

La pregunta del millon : por que pasa esto?, es normal?, existe alguna forma de solucionarlo?