Hola,
Este error es de verdad muy extraño. Lo explico:
Tengo una ventana que cumple una acción determinada y que abro desde un window.open, una vez que termino la acción en esa ventana haciendo click en un boton determinado para eso se invoca una función en la ventana padre que finalmente cierra la emergente, el problema es que en firefox se queda abierta hasta que hago click en cualquier parte de la ventana que no sea el boton que invoca la función en la ventana padre, una vez hecho esto la venta se cierra.
En explorer no pasa este error.
Espero que la explicación se entienda y me puedan ayudar.
Hasta luego.