Hola de nuevo,
como no sé exactamente cual es la función de todo esto no me atrevo a darte consejos más concretos. Lo que sí puedo hacer es explicarte cómo funciona la inclusión de un archivo .js y que de ahí saques tus propias conclusiones.
si tú tienes una función o 40 o las que sean y las tienes en una página html, asp, php etc lo tendrías insertado siempre entre los tags
<script language="javascript"> y </script>
Ejemplo:
<script language="javascript">
function pepe(){
document.write ("perico de los palotes")
}
</script>
Es igual que hayan 3 líneas de script como que hayan 300. Lo importante es que siempre estén entre los tags <script> y </script> para que el navegador lo reconozca como código javascript.
Ahora, si queremos guardar el código javascript en un archivo externo y llamarlo desde un html, asp, php etc la forma correcta de hacerlo es:
Poner todo el código de script en un documento que sólo puede contener código javascript pero SIN ponerle los tags de <script> y </script>
Así si el ejemplo que te puse arriba lo queremos poner en un archivo js lo único que habría de contener ese archivo .js sería:
function pepe(){
document.write ("perico de los palotes")
}
Sin los tags de script. Dentro de un .js sólo puede haber código javascript.
Entonces en los documentos que quieras que usen esos scripts les pones los tags de script...
<script language="javascript" src="archivo.js"></script>
Siempre estos tags indican que lo que se cargue será javascript y así deberá ser tratado.
Si lo que haces es llamar a un php que contiene otro tipo de código (en otros lenguajes) no funcionará.
Espero que al menos la explicación te oriente un poco sobre la mejor forma de hacer lo que pretendes.
En todo caso puedes detallar mejor lo que quieres hacer, a ver si hay alguna alternativa mejor
un saludo