Holas :::
Código PHP:
<html>
<head>
<title>::: tu sitio X.com</title>
<SCRIPT LANGUAGE="JavaScript">
function popUp(URL) {
day = new Date();
id = day.getTime();
eval("page" + id + " = window.open(URL, '" + id + "', 'toolbar=0,scrollbars=0,location=0,statusbar=0,menubar=0,resizable=0,width=300,height=360,left = 488,top = 45');");
}
// left = 488,top = 45');"); son los valores que te ayudan a poner donde quieras el PopUp
// Juega con lo numeros y veras que sale ;)
</script>
</head>
<body onLoad="javascript:popUp('http://www.use05.edu.pe/body/a_principal/PopUp.htm')" onContextMenu="return false" bgproperties="fixed">
<p>PopUp</p>
</body>
</html>
Espero que sea esto lo que buscas
Saludos