Hola Stramonio:
Existe el método split que se aplica a las cadenas de texto y la convierten en un array separadas por el valor que se pase como parámetro...
por ejemplo:
var miFecha = "dd/mm/aaaa".split("/");
esto convierte la cadena "dd/mm/aaaa" en el array
["dd", "mm", "aaaa"]...
Ahora hay que reordenar los elementos del array
var temp = miFecha[0];
miFecha[0] = miFecha[2];
miFecha[2] = temp;
Y por último existe el método join que se aplica a los arrays y los convierte en cadenas unidas por el elemento que se pasa como parámetro:
var miNuevaFecha = miFecha.join("/");
Espero que te sirva.
Saludos