Bueno, lo más sencillo es que pongas el estilo definido en una hoja de estilos aparte y agregues al script el código que la incluya.
Por ejemplo si creas una hoja de estilos de nombre estilos.css que incluye la clase que quieres usar al código puedes añadirle esto
function afoto(cual)
{
if(ventana){ventana.close()}
buscar(cual)
ventana=window. open('','ventana','resize=no,scrollbars=no,resizab le=no width=748,height=605')
ventana.document.write('
<html><head><link href="estilos.css" rel="stylesheet" type="text/css" /></head><body bgcolor="#D5D3F4" marginwidth="5" marginheight="5" topmargin="5">//////<div align="center" class="fotos">NAVE BALGON/////<img id="foto" alt="NAVE BALGON" src="' + cual + '" >')
ventana.document.write('<br><div align="center"><a href="#" onClick="if(opener.cont==0){opener.cont=opener.afo tos.length-1}else{opener.cont--};document.getElementById(\'foto\').src =opener.afotos[opener.cont];return false"><img src="archivos/detras.png" border="0" onMouseover=\'src="archivos/detrassobre.png"\' onMouseout=\'src="archivos/detras.png"\'></a>')
ventana.document.write(' <a href="#" onClick="if(opener.cont==opener.afotos.length-1){opener.cont=0}else{opener.cont++};document.getE lementById(\'foto\').src =opener.afotos[opener.cont];return false"><img src="archivos/delante.png" border="0" name="delante" onMouseover=\'src="archivos/delantesobre.png"\' onMouseout=\'src="archivos/delante.png"\'></a>')
}
pruébalo y me cuentas