Hola otra vez:
Error (¡Horror

!) formulario con méthodo post y recepción con $_GET[...]...
Los espacios en la etiqueta form (del método) tampoco son admisibles.
Otra cosa es no hacer las asignaciones sino poner un script en la cabecera con un mal uso de document.write...
<html>
<head>
<script language="JavaScript">
/*
var x,y;
str = location.search;
if (str != "") {
commaloc = str.indexOf(",");
x = str.substring(1, commaloc);
document.write("<p>valor de x: "+x);
y= str.substring(commaloc+1, str.length);
document.write("<p>valor de y: "+y);
}
*/
var ns4 = (document.layers)? true:false
var ie4 = (document.all)? true:false
var ns6 = (document.getElementById && !document.all) ? true: false;
var coorX, coorY, iniX, iniY;
if (ns6) document.addEventListener("mousemove", mouseMove, true)
if (ns4) {document.captureEvents(Event.MOUSEMOVE); document.mousemove = mouseMove;}
function mouseMove(e)
{
if (ns4||ns6) {coorX = e.pageX; coorY = e.pageY;}
if (ie4) {coorX = event.x; coorY = event.y;}
return true;
}
function ini() {
if (ie4) document.body.onmousemove = mouseMove;
iniX = document.getElementById("recuadro").offsetLeft;
iniY = document.getElementById("recuadro").offsetTop;
}
function asignar() {
with (document.forms[0]) {
x.value = coorX;
x.value = coorX;
submit();
}
} </script>
</head>
<body onload="ini()">
<form method
="get" action="prueba.php" >
<a href="prueba.php"><img src="laguna_padul2.JPG" ismap
onclick="asignar()"></a>
<input type=hidden name=x value=x>
<input type=hidden name=y value=y>
<input type=submit name=enviar value=enviar>
</form>
</body>
</html>
Lo hice a ojo, o sea que puede tener errores, pero espero que vayas entendiendo.
Saludos