Para tí una pavada, y no sabes el aventón que me has dado.
  
Y que se te ocurre para cuando la variable es más de 1. Es decir tanto E, como otras variables deben funcionar de igual manera.  
 Cita:  <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />
<title>Documento sin título</title>
 
<script>
function ingresoneto(){
  var A = document.getElementById('IB').value;
  var B = document.getElementById('GC').value;
  var D = document.getElementById('IN');
  D.value = ((parseFloat(A) - parseFloat(B)));}
 
function margenbruto(){
     var D = document.getElementById('IN').value;
	 var E = document.getElementById('CD').value;
	 var F = document.getElementById('MB');
	F.value = ((parseFloat(D) - parseFloat(E)))
}
 
function resultadooperativo(){
     var F = document.getElementById('MB').value;
	 var G = document.getElementById('GA').value;
 	 var H = document.getElementById('GE').value;
	 var I = document.getElementById('RO');
	I.value = ((parseFloat(F) - parseFloat(G) - parseFloat(H)))
}
 
function resultadoporproduccion(){
     var I = document.getElementById('RO').value;
	 var J = document.getElementById('AI').value;
	 var K = document.getElementById('RPP');
	K.value = ((parseFloat(I) - parseFloat(J)))
}
</script>
 
</head>
 
<body>
<form>
<p align="center">
Ingreso Bruto ($): 
<input type="number" id="IB" style="background-color: border:1px; text-align: center;"/>
</p>
<p align="center">
Gastos de Comercialización ($):
  <input type="number" id="GC" style="background-color: border:1px; text-align: center;"/>
  </p>
<p align="center">
    <input type="button" onClick="ingresoneto();" value="Calcule IN" style="background-color: border:1px; text-align: center;"/>
</p>
<p align="center">
 
  Ingreso Neto ($):
  <input id="IN" style="background-color: border:1px; text-align: center;"/>
  </p>
<p align="center">
Costos Directos ($):
  <input type="number" id="CD" style="background-color: border:1px; text-align: center;"/>
  </p>
<p align="center">
    <input type="button" onClick="margenbruto();" value="Calcule MB" style="background-color: border:1px; text-align: center;">
  </p>
<p align="center">
Margen Bruto ($):
  <input id="MB" style="background-color: border:1px; text-align: center;"/>
  </p>
 
<p align="center">
Gastos Administrativos ($):
  <input type="number" id="GA" style="background-color: border:1px; text-align: center;"/>
  </p>
<p align="center">
Gastos de Estructura ($):
  <input type="number" id="GE" style="background-color: border:1px; text-align: center;"/>
  </p>  
  <p align="center">
    <input type="button" onClick="resultadooperativo();" value="Calcule RO" style="background-color: border:1px; text-align: center;">
  </p>
<p align="center">
Resultado Operativo ($):
  <input id="RO" style="background-color: border:1px; text-align: center;"/>
  </p>
 
<p align="center">
Amortizaciones indirectas ($):
  <input type="number" id="AI" style="background-color: border:1px; text-align: center;"/>
  </p>  
  <p align="center">
    <input type="button" onClick="resultadoporproduccion();" value="Calcule RO" style="background-color: border:1px; text-align: center;">
  </p>
  <p align="center">
Resultado por Producción ($):
  <input id="RPP" style="background-color: border:1px; text-align: center;"/>
  </p>  
</form>
</body>
    En este caso B, E, G, H y J deberían funcionar de igual manera. Sé que repitiéndolo funciona. Pero se te ocurre algo mejor y más simple? En función de que como este módulo tengo que hacer tantos otros y ver como lo resuelvo mejor para no enloquecerme repitiéndolo a cada rato. 
¡Gracias!